Anker-Nilssen, T. 2005. Sjøfugl og sei: predatorer og indikatorer i et klimaperspektiv. – In: Svenning, M.-A. & Jonsson, B. (eds.). Kystøkologi: Økosystemprosesser og menneskelig aktivitet. NINAs strategiske instituttprogrammer 2001-2005. NINA Temahefte 31: 33-37.
Durant, J.M., Hjermann, D.Ø., Anker-Nilssen, T., Beaugrand, G., Mysterud, A., Pettorelli, N. & Stenseth, N.C. 2005. Timing and abundance as key mechanisms affecting trophic interactions in variable environments. - Ecology Letters 8: 952-958.
Harris, M.P., Anker-Nilssen, T., McCleery, R., Erikstad, K.E., Shaw, D.N. & Grosbois, V. 2005. The effect of wintering area and climate on the survival of adult Atlantic puffins Fratercula arctica in the eastern Atlantic. - Marine Ecology Progress Series 297: 283-296.
Aarvak, T. & Øien, I.J. 2005. Kartlegging av hekkende havsvaler og stormsvaler på Hernyken, Røst, oktober 2005. - Norsk ornitologisk Forening, NOF rapport nr. 2-2005, 14 pp.
Aarvak, T., Øien, I.J. & Anker-Nilssen, T. 2005. Full fart i stummende mørke. Har sjøsvalene sonar eller bare godt syn? - Vår Fuglefauna 28: 154-157.
Anker-Nilssen, T. & Lorentsen, S.-H. 2004. Seabirds in the Norwegian Sea. – In: Skjoldal, H.R., Sætre, R., Færnö, A., Misund, O.A. & Røttingen, I. (eds.). The Norwegian Sea Ecosystem. Tapir Academic Press, Trondheim, pp 435-446.
Anker-Nilssen, T. & Aarvak, T. 2004. Fotoguide for næringsprøver fra lunde og teist på Røst. Versjon 1.3 (oppdateres årlig). - Bestemmelsesguide, NINA.
Anker-Nilssen, T. & Aarvak, T. 2004. Lundens populasjonsøkologi på Røst. Fremdriftsrapport november 2004. - NINA Minirapport 79, 8 pp.
Anker-Nilssen, T. & Aarvak, T. 2004. Lundens populasjonsøkologi på Røst. Lundens populasjonsøkologi på Røst. Status etter hekkesesongen 2003. - NINA Oppdragsmelding 809, 44 pp.
Barrett, R.T., Anker-Nilssen, T., Erikstad, K.E. Lorentsen, S.-H. & Strøm, H. 2004. Initiating SEAPOP in the Lofoten and Barents Sea area? Report from the OLF study in 2004. - NINA Minirapport 86, 11 pp.
Durant, J.M., Anker-Nilssen, T., Hjermann, D.Ø. & Stenseth, N.C. 2004a. Regime shifts in the breeding of an Atlantic puffin population. - Ecology Letters 7: 388-394.
Durant, J.M., Stenseth, N.C., Anker-Nilssen, T., Harris, M.P., Thompson, P.M. & Wanless, S. 2004b. Marine birds and climate fluctuation in the North Atlantic. – In: Stenseth, N.C., Ottersen, G., Hurrell, J.W. and Belgrano, A. (red.). Marine Ecosystems and Climate Variation - The North Atlantic. A Comparative Perspective. Oxford University Press, New York, pp 95-105 & 209-213.
Hofgaard, A., Anker-Nilssen, T., Bruteig, I.E., Framstad, E., Kålås, J.A. & Solberg, E.J. 2004. Overvåking avdekker klimarelaterte forandringer i Norsk natur. Eksempler med utgangspunkt i DN finansierte overvåkingsdata. - NINA Minirapport 70, 19 pp.
Anker-Nilssen, T. 2003. Lundens populasjonsøkologi på Røst. Fremdriftsrapport oktober 2003. - NINA Minirapport 19, 5 pp.
Anker-Nilssen, T. & Aarvak, T. 2003. Lundens populasjonsøkologi på Røst. Status etter hekkesesongen 2002. - NINA Oppdragsmelding 784, 40 pp.
Anker-Nilssen, T., Aarvak, T. & Bangjord, G. 2003. Mass mortality of Atlantic Puffins Fratercula arctica off Central Norway, spring 2002: causes and consequences. - Atlantic Seabirds 5: 57-71.
Durant, J., Anker-Nilssen, T. & Stenseth, N.C. 2003. Trophic interactions and climate change: the Atlantic puffin as an example. - Proceeding Royal Society London Series B 270: 1461-1466.
Systad, G.H., Bakken, V., Strøm, H. & Anker-Nilssen, T. 2003. Spesielt Verdifulle Områder (SVO) for sjøfugl i Barentshavet - implementering av kriterier for identifikasjon av SVO i den norske delen av Barentshavet. - Rapport, NINA, Tromsø.
Anker-Nilssen, T. 2002. Havsvaleprosjektets hovedresultater i 2001. - Ringmerkaren 15: 166-172.
Anker-Nilssen, T. 2002. Past and present research on trophic interactions between seabirds and forage fish in Norwegian waters. – In: Jarre, A. (ed.). Workshop ”Ecosystem West Greenland”, Greenland Institute of Natural Resources, Nuuk, 29 November – 03 December 2001: A stepping stone towards an integrated marine research programme. Inusuuk, Arctic Research Journal 1: 43-44.
Anker-Nilssen, T. & Aarvak, T. 2002. Lundens populasjonsøkologi på Røst. Status etter hekkesesongen 2001. - NINA Oppdragsmelding 736, 40 pp.
Barrett, R.T., Anker-Nilssen, T., Gabrielsen, G.W. & Chapdelaine, G. 2002. Food consumption by seabirds in Norwegian waters. - ICES Journal of Marine Science 59: 43-57.
Sætre, R., Toresen, R. & Anker-Nilssen, T. 2002. Factors affecting the recruitment variability of the Norwegian spring-spawning herring (Clupea harengus L.). - ICES Journal of Marine Science 59: 725-736.
Anker-Nilssen, T. 2001. Havsvaleprosjektets resultater i 2000. - Ringmerkaren 14: 152-162.
Axelsen, B.E., Anker-Nilssen, T., Fossum, P., Kvamme, C. & Nøttestad, L. 2001. Pretty patterns but a simple strategy: predator-prey interactions between juvenile herring and Atlantic puffins observed with multibeam sonar. - Canadian Journal of Zoology 79: 1586-1596.
Sætre, R., Toresen, R., Anker-Nilssen, T. & Fossum, P. 2001. The Norwegian spring-spawning herring: environmental impact on recruitment. – In: Funk, F., Blackburn, J., Hay, D., Paul, A.J., Stephenson, R., Toresen, R. & Witherell, D. (eds.). Herring: Expectations for a new millennium. University of Alaska Sea Grant, AK-SG-01-04, Fairbanks.