Siden begynnelsen av 1980-tallet har man drevet overvåking av overvintrende sjøfuglbestander i områder langs hele Norskekysten, fra Østfold til Varangerfjorden. Innenfor SEAPOP-området har det vært slik overvåking i Vesterålen, i Tromsø-området og i Varangerfjorden. Alle disse områdene ligger i den indre delen av kysten og er derfor relativt beskyttet. Da SEAPOP ble startet ble kunnskapshull kartlagt og det ble konkludert med at det var et stort behov for å øke innsatsen på vinterovervåkning av kystnære sjøfugler, særlig i den ytre delen av kysten. Derfor ble følgende områder valgt ut: Kvaløya utenfor Tromsø, Vannøya, Sørvær-Hasvik på Sørøya og Kongsfjord-Berlevåg. Tellinger av sjøfugl ble gjort i alle disse områdene i mars 2006 og 2007.