Et høyaktuelt fagfelt i denne sammenheng er mitogenomikk, dvs. det å karakterisere det komplette mitokondrielle genomet ved fullsekvensering av mtDNA. Ved å utføre dette på flere individer får man kartlagt såkalte ”single nucleotide polymorphisms” (SNPs), dvs. enkeltsetesubstitusjoner i mtDNA innenfor arten.
Prøvematerialet består av blod- og vevsprøver fra geografisk spredte hekkekolonier som samles inn gjennom pågående prosjekter i SEAPOP. Følgende kolonier inngår i analysen; Runde, Røst, Anda, Hjemsøya og Hornøya. I tillegg analyseres det prøver fra Island og Newfoundland for å kunne identifisere optimale SNP’er. Første trinn i denne analysen har vært å plukke ut de SNP’ene i mtDNA som egner seg best som diagnostiske markører. Ved hjelp av disse vil det kunne utføres screening av populasjonssampler av lunde ved SNP-analyser på mtDNA og mikrosatelitt-analyser. Det er nå karakterisert en del mikrosatelitter for nært beslektede arter. Noen av disse er allerede testet på lunde og vist seg å fungere, og flere andre vil med overveiende sannsynlighet være brukbare for denne arten – disse krever uttesting i begrenset grad før man er klar for screening. Dette vil gi oss en oversikt over den totale diversiteten innenfor arten, og dermed kunne kartlegge populasjonsstruktur og beregne migrasjonsrater.
Det er nå funnet funnet 40 SNPs, som kan brukes i videre populasjonsundersøkelser (for å se tabell over SNP posisjoner i mtDNA hos lunde, klikk her). SNPs har blant annet de fordelene at de er relativt stabile og at de kan bestemmes entydig. Med hensyn på videre analyser må det foretas en evaluering av de mitokondrielle SNPs som er identifisert for å fastslå hvilke som best kan egne seg som diagnostiske markører. Denne evalueringen innbefatter utarbeiding av effektive protokoller for screening av SNPs. Screeningen kan enten utføres vha sekvenseringer, eller ved design av assays for de enkelte locus og som kan kjøres med real time PCR teknikk.
De molekylærbiologiske teknikkene har utviklet seg mye de siste årene. Det gjør det mulig å undersøke populasjonsstruktur vha genetiske markører mer effektivt og med høyere oppløsning enn tidligere. For bruk på populasjonsnivå trenger man relativt variable markører – her egner mitokondrielt DNA (mtDNA) og mikrosatelitter seg godt.