SEAPOP skal oppdatere kunnskapen om utbredelse av sjøfugl i alle norske havområder. Dette inkluderer en omfattende kartlegging av hekkende, mytende (fjærfellende) og overvintrende sjøfugler i kystområdene på Svalbard og langs det norske fastlandet. Utbredelse av sjøfugl i åpent hav studeres i et tverrfaglig samarbeid som muliggjør en heldekkende modellering av deres fordeling til ulike tider på året.
Sjøfuglenes forekomst i antall tid og rom endres betydelig over tid, både fra sesong til sesong og fra år til år. Kartleggingsdata har derfor begrenset gyldighet. For kystbundne bestander regnes de normalt som utdatert etter ti år. Et av hovedmålene i SEAPOP er derfor å oppdatere data om utbredelse av sjøfugl i alle norske havområder. Dette krever storstilt kartlegging av hekkende, mytende og overvintrende sjøfugler både på Svalbard og langs det norske fastlandet, og detaljerte studier av sjøfuglenes utbredelse i åpent hav (se egen omtale). Av ressurshensyn må kartleggingen i kystområdene gjøres rullerende slik at hvert område dekkes minst én gang til hver årstid i løpet av en tiårsperiode. Innenfor en slik periode kan resultater fra den årlige overvåkingen av utvalgte hekke- og vinterbestander langs kysten til en viss grad brukes til å kalibrere for at ikke alle områder kan besøkes i samme år.
I tråd med den trinnvise etableringen av SEAPOP, startet den nye kartleggingen først i nordområdene. På Svalbard har vi svært begrenset kunnskap om utbredelsen av sjøfugl vinterstid, men det er gjort tellinger i et utvalgt område på vestkysten av Spitsbergen siden midten av 1990-tallet. Gjennom SEAPOP vil dette arbeidet bli videreført og utvidet. På fastlandet har kartleggingen vært langt mer omfattende, men i svært mange områder var dataene for lengst gått ut på dato da programmet ble etablert.Metodikken som brukes varierer. For kartlegging på kysten av Troms og Finnmark har en i stor grad brukt fly. Dette har gjort det mulig å dekke hele kyststrekningen. I tillegg har mange av områdene blitt talt opp fra båt. Kystvakten har vært særlig behjelpelig under tellingene av hekkende fugl. På Svalbard har man stort sett brukt småbåt eller gummibåt for slike kartlegginger. Større kolonier av sjøfugl blir talt opp både gjennom det arbeidet som foregår i de utvalgte hovedkoloniene (nøkkellokaliteter) og gjennom spesifikke opptellinger i alle større og mindre sjøfuglkolonier. Tellinger i åpent hav foregår stort sett fra skip, i første rekke gjennom et samarbeid med Havforskningsinstituttet (HI).