Overlevelse, tetthet, forflytninger og sannsynlighet for at en fugl hekker et gitt år kan beregnes ved å bruke fangst-gjenfangst-modeller. Denne typen analyse baserer seg på individspesifikke fangsthistorier som består av en serie 0-er eller 1-ere, hvor 1 indikerer at et individ ble observert og 0 at det ikke ble observert. En fangshistorie med åtte fangstsesjoner kan da se slik ut: 10011011. Med fangsthistorier for mange nok individer kan man ved hjelp av modellering beregne sannsynligheten for å fange et individ dersom det er i live og tilstede i populasjonen (fangbarhet). Ved hjelp av den beregnede fangbarheten vil modellen dernest estimere overlevelsesraten - sannsynligheten for at et tilfeldig individ vil overleve fra én fangstsesjon til den neste. De statistiske modellene ble beskrevet av Cormack, Jolly og Seber på 1960-tallet og kalles for CJS-modeller. Disse modellene er forventningsrette - så forventningsrette at ingen har kommet med nevneverdige korreksjoner til dem siden den gang de først ble utarbeidet.Fangst-gjenfangst-data samles inn ved fangstsesjoner. En sesjon kan være for eksempel bestå av 5 timer med observasjon eller en dags innsats med fangst og merking av fugler. I noen typer fangst-gjenfangst-studier skiller man mellom primære og sekundære fangstsesjoner, hvor hver primærsesjon består av flere sekundære sesjoner. Denne protokollen kalles ”Robust design” og muliggjør at man beregner både antall individer og overlevelse. For å kunne utnytte datasettet maksimalt er det viktig at de sekundære sesjonene er så nær hverandre i tid at vi kan anta at alle individene overlever fra én sekundær sesjon til den neste og at det ikke skjer permanente forflyttninger mellom forskjellige fangbare populasjoner (deler av kolonien eller kolonier) innenfor dette tidsrommet. Vi bruker data fra sekundærsesjonene til å beregne antall individer i studieområdet. Avstanden i tid mellom primære sesjoner bør være såpass lang at dødsfall og/eller forflytninger mellom populasjoner kan ha inntruffet. Legg merke til at man trenger kun én sekundærsesjon for å kunne beregne overlevelse. Hensikten med flere sekundærsesjoner er å kunne estimere rekruttering, antall individer og sannsynligheten for at et individ står over en hekkesesong. En gjennomgang av fangst-gjenfangst-modellering er gitt i Lebreton et al.,1992.
I SEAPOP-sammenheng vil fangstmåten variere, men dette er ikke viktig for analysen. Siden vi er nødt til å fange fuglene for å merke dem er det naturlig å basere mye av fangst-gjenfangst-seriene på data fra fangsten samt å merke fuglene med fargeringer eller transpondere slik at vi med letthet kan observere eller registrere dem senere.