Fordi sjøfugl streifer over store og så godt som utilgjengelige havområder gjennom store deler av året, er studier av sjøfuglenes næringsvalg og responser på variasjonen i næringstilgangen ofte begrenset til observasjoner på hekkeplasser og i tilstøtende beiteområder.
Hekketiden er en meget stressende periode for sjøfugl, fordi området hvor de kan finne mat er begrenset ved at de regelmessig må tilbake til reiret. I tillegg må de finne ekstra mat til seg selv og ungen(e). Dette betyr at forholdsvis små eller kortsiktige variasjoner i mattilgang vil kunne gjenspeiles i hva fuglene velger som mat fra dag til dag eller uke til uke.
Måten vi tar næringsprøver varierer fra art til art (se Feltarbeid), og i SEAPOP tar vi prøver hovedsakelig i hekketiden fra de voksne og/eller unger. Utenom hekketiden er man begrenset til analyser av skutte fugl eller fugl som er druknet i fiskeredskap. I SEAPOP unngår vi i det lengste å avlive fugl, derfor blir ikke denne metodikken benyttet. Det finnes imidlertid en rekke indirekte metoder som kan brukes for å undersøke hva sjøfugl har spist, for eksempel gjennom biokjemiske, molekylære eller genetiske analyser av kroppsvev (inkl. blod), noe som gir oss mulighet til å se omtrent hva sjøfugl spiser utenom hekketiden. Disse metodene er imidlertid meget tidkrevende og kostbare, og er ikke benyttet i dette programmet.