Måten vi tar næringsprøver på varierer fra art til art. I SEAPOP tar vi hovedsakelig prøver i hekketiden fra voksne og/eller unger.
Regelmessig overvåking av sjøfuglenes diett på hekkeplassen forgår i dag hos en rekke arter i flere kolonier. Dette gjøres på forskjellige måter. Hos toppskarv og storskarv vil ungene ofte gulpe opp mageinnhold når de blir forstyrret, noe som gjør det enkelt å bestemme hva de har spist. I tillegg gulper de voksne fuglene opp ufordøyelige matrester (fiskeben, otolitter, krabbeklør, o.l.) som lett kan samles inn og senere analyseres i laboratoriet. Unge og voksne måker (i SEAPOP gjelder dette gråmåke, svartbak, polarmåke og krykkje) gir også lett fra seg mageinnholdet når de blir fanget eller skremt. Disse matrestene inneholder otolitter (ørestein) fra fisk som kan brukes for å bestemme arten og størrelsen på fiskene.
For lomvi, alke, teist og delvis også lunde kan man studere direkte med kikkert eller teleskop hva de voksne har i nebbet når de kommer inn til kolonien for å mate ungen. Det er imidlertid tilrådelig å fange enkelte individer for å kontrollere at bestemmelsene er korrekte. Dette gjelder særlig hos lunde, som kan ha titalls små fisk eller kreppsdyr i nebbet, noe som er vanskelig å telle og bestemme med kikkert.Utenom hekketiden blir studier av næringsvalg gjort indirekte ved å studere sammenheng mellom forekomstene av fugl og næring, eller direkte ved å analysere mageinnholdet hos felte fugl eller av fugl som har druknet i fiskeredskap.