Trondheimsfjorden er et av de viktigste overvintringsområdene i landet for marine ender, spesielt ærfugl.
Gjennomsnitts-, minimums- og maksimumsverdier for overvintrende sjøfugl innenfor overvåkingsområdene i Trondheimsfjorden er gitt i tabell. I løpet av overvåkingsperioden (1977-2000) er den mest påfallende tendensen den dramatiske nedgangen i overvintringsbestanden av ærfugl, som er halvert. Årsaken til dette er ukjent. Også overvintringsbestandene av sjøorre og teist har gått signifikant tilbake, mens bestandene av storskarv og gråmåke har økt. For de andre artene er det ikke observert vesentlige endringer.