I hovedtrekk bestemmes hekkesuksess i en bestand ved å kontrollere reirinnhold til et utvalg av de hekkende parene i den aktuelle bestanden flere ganger i løpet av hekketiden for å få et mål på antall flygedyktige unger per par. Standardiserte metoder for hver enkelt art er beskrevet tidligere både for norske forhold og i utlandet. En egen manual er utviklet innenfor SEAPOP for å sikre at metodikken innenfor programmet er standardisert.